低聚果糖除了具備一般功能性低聚糖的物理化學性質外，其最引人注目的生理特性是它能顯著改善腸道內微生物的種群比例。它能減少和抑制腸內腐敗物質的產生，抑制有害細菌的生長，調節腸道內平衡。此外，低聚果糖還能促進微量元素鐵、鈣的吸收與利用，以防止骨質疏松癥的發生；減少肝臟毒素，生成有機酸來抑制癌細胞的生長，具有顯著的防癌功能。低聚果糖不僅口感純正香甜可口，而且具有類似脂肪的香味和爽口的滑膩感。近年來，低聚果糖成為歐洲、美洲等地保健品市場的風靡之選。