辦理衛生許可證的順序是：首先提交申報圖紙（同時準備所需材料），然后進行圖紙和相關材料的審查，接著是現場驗收，如果合格的話，再提交申請材料。領取衛生許可證的時間通常為10個工作日。
申請衛生許可證時，申請人需要向市質量技術監督部門提出申請，并提供以下資料：1、符合要求的衛生許可證申請書；2、法定代表人、業主（生產負責人）的資格證明、身份證復印件、法定代表人授權委托書以及被委托人的身份證復印件；3、企業營業執照的復印件；4、組織機構代碼證的復印件；5、生產場地平面圖、生產工藝流程圖和衛生防護設施圖；6、產品從業人員的健康檢查和培訓資料證明；7、根據產品特性和相關規定，還需提供產品原料、配方、包裝材料、標簽、說明書、產品樣品和產品安全性評價資料，以及連續三次衛生檢驗合格的試產樣品證明；8、法律、法規、規章規定的或市質量技術監督部門要求提供的其他資料。
辦理衛生許可證的法律依據為《個體工商戶條例》第九條。根據規定，機關在對申請材料進行合法審查后，有以下辦理方式：1、對材料齊全、符合法定形式的申請，會當場予以登記；如果申請材料不齊全或不符合法定形式要求，會當場告知申請人需要補正全部內容；2、對申請材料的實質性內容進行核實，會依法進行核查，并在受理申請之日起15日內作出是否予以登記的決定；3、如果不符合個體工商戶登記條件，則會不予登記并書面告知申請人，說明理由，并告知申請人有權依法申請行政復議或提起行政訴訟。如果符合條件，登記機關應當在登記之日起10日內發給營業執照。