光子嫩膚如果選擇正規機構進行，并且避開了一些禁忌癥的話，一般是沒有副作用的。但由于每個人的身體素質有所不同，術后護理也有所不同，還是可能出現一些副作用：
- 熱痛：在治療時，會有熱痛感。每個人的耐受力不同，對痛的感受也不一樣。大部分人都可以忍受。 - 皮膚泛紅：做完后皮膚會有些泛紅，特別是有問題的部位。不過，一般沒有什么大問題，只要做好保濕和防曬，會很快消失。 - 結痂和水泡：如果局部照射時間過長，皮膚吸收的能量超過自身的承受力，皮膚會出現局部結痂、水泡現象。 - 色素沉著：在進行光子嫩膚的過程中，如果設定的參數與皮膚類型不匹配，會刺激正常皮膚組織的黑色素增生，引發色素沉著，皮膚變黑。因此，選擇具有經驗的醫生也是很有必要的。
為了讓光子嫩膚達到更為理想的效果，還需要在術后注意適當的術后護理。比如，注意防曬，對皮膚進行保濕，養成良好的作息規律等。